中国科学院上海药物研究所是我国历史最悠久的综合性创新药物研究机构。上海药物所瞄准国际生命科学发展的前沿领域以及药物研究的重要科学问题，开展创新药物基础和应用基础研究，发展药物研究新理论、新方法和新技术。重点围绕治疗恶性肿瘤、心脑血管系统疾病、神经精神系统疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病及感染性疾病等开展新药研发，并加强现代中药的研发。

自建所以来，共研制开发新药100余种并投入生产，创制了一批在国内外具有一定影响的创新药物，如抗恶性疟疾首选药物蒿甲醚、重金属解毒药二巯丁二酸、抗肿瘤新药丁氧哌烷、抗阿尔茨海默症新药石杉碱甲、现代中药丹参多酚酸盐和抗菌新药盐酸安妥沙星等。全所共获各类科研成果奖301项，其中：国家三大奖26项，全国科学大会奖等国家级奖21项，省部级奖97项。现每年申请并获授权国内外专利100多项；每年发表SCI论文400余篇。

上海药物所通过探索机制体制改革，设立成果转化工作管理机构，加强内控管理，制定“4+4”制度体系，保障科技成果转化工作有序开展。研究所大力探索机制体制改革，制定、修订4个办法，起草4项指南。对新药研究人员的评价围绕“出新药”核心目标，将临床批件、新药证书与高级岗位聘用挂钩，提高科研人员从事新药研发的积极性，为科技成果转化持续提供可转化项目。

在完善的科技成果转化制度保障下，上海药物所产出的科技成果频频实现转化。其中与大学合作研发一种为抗血液肿瘤的化学药品1类新药，对目标激酶的选择性高，可避免因选择性不佳所致的毒副作用，毒性小而治疗窗口宽，有望开发为抗急性白血病的个性化治疗药物。2018年，该成果以独占许可的方式转化，上海药物所与合作的大学在转化过程中考虑各自的转化制度规定，积极协商价值评估事宜，共同确定了符合双方要求的评估机构。最终双方签订转化合同，总金额3000万元，另加2%的销售额提成。

根据中国科技成果转化年度报告，2017年研究所以转让、许可、作价投资方式合计转化科技成果合同总金额达1.9亿元，技术转让（包括转让、许可、作价投资）、开发、咨询、服务（简称“四技”）合同总金额3.2亿元；2018年研究所以转让、许可、作价投资方式合计转化科技成果合同总金额达16.8亿元，“四技”合同总金额18.5亿元。